一、杀菌灭藻工作原理

    旁流水处理器用于微生物（如菌藻）滋生水质的净化处理，其原理在于水流经旁流水处理器时，水中的细菌和藻类的生态环境发生变化，生存条件丧失而死亡。具体表现在三个方面：
    任何一种生物都有其特定的生存生物场。电荷在生物体内的分布运动，受到生物体外环境电场变化的影响，从而影响到机体的生命活动。地球上的微生物一般只能适应并生存于地球表面的电场强度（130v/m)中，改变电场强度，可改变或影响细菌（E.Coli）的生理代谢，如基因表达程序，酶活性等，使细菌生存反常，这是导致细菌死亡的原因之一。
    细胞膜有许多通道。通过这些通道，细胞可以同它的周围联系。这些通道是由单个分子或分子复合体组成，能够让离子通过。离子通道的调节影响细胞的生命和细胞的功能。外电场破坏了细胞膜上的离子通道，改变了调解细胞功能的内部电流，从而影响细菌的生命。含菌液体流过强电场，致使瞬间变化电流通过液体，在导电通路上的细胞被高速运动的的电子冲击波致死，达到灭菌的目的。
    电场处理水过程中，溶解氧得到活化，产生O2-、·OH、H2O2以及1O2等活性氧（O2-是超氧阴离子自由基，·OH是基自由基，H2O2是过氧化氢，1O2是单线态氧）。活性氧自由基对微生物集体可产生一系列的有害作用，是造成有机体衰老的主要的原因。O2-可损伤重要的生物大分子，造成微生物机体损伤；O2-赠机微生物机体膜过氧化，加速衰老。 

二、防腐工作原理

    活性氧在新管壁上生成氧化被膜，微生物腐蚀、沉寂腐蚀被抑制。

三、防垢、除垢工作原理

    水经过旁流水处理器后，水分子聚合度降低，结构发生变形，产生一系列物理化学性质的微小弹性变化，如：水偶极矩增大，极性增加，因而增加了水的水和能力和溶垢能力。
    水中所含盐类离子如Ca2+、Mg2+受到电场引力作用，排列发生变化，难于趋向管壁积累，从而防止垢类生成。特定的能场改变CaCO3结晶过程，抑制方解石产生，提供产生文结晶的能量。
    水中悬浮粒子及胶体经过处理后其表面Zeta电位发生变化，脱稳絮凝而趋于沉淀析出。沉淀被水流冲走或排污去除，使水得到净化。
    处理后水中产生活性氧，活性氧参杂结晶过程，加速胶体脱稳。对于已结垢的系统，活性氧将破坏垢分子间的电子结合力，改变其晶体结构，使坚硬老垢变为疏松软垢，这样积垢逐渐剥落，乃至成碎片、碎屑脱落，达到除垢的目的。